Hlavným cieľom starostlivosti o lesné ekosystémy v chránených územiach je zachovanie ich biodiverzity v pôvodnom rozsahu, ochrana krajiny a osobitných prírodných hodnôt. Na dosiahnutie tohto cieľa je potrebné zistiť predpoklady pre diferencovanú starostlivosť o lesné ekosystémy v CHÚ v závislosti od stupňa ich prirodzenosti a zachovalosti. Hodnotenie prirodzenosti musí vychádzať z poznatkov o prírodných lesoch a pralesoch a z poznatkov o konkrétnych (relatívne trvalých) podmienkach stanovišťa. Tieto podmienky sú charakterizované typologickými jednotkami (Zlatník 1959, 1976, Hančinský 1972), ktoré sú na Slovensku postavené na ekosystémovom chápaní (geobiocenologickom princípe). Na základe typologických jednotiek je možné zistiť potenciálny výskyt biotopov, rekonštruovať pôvodné drevinové zloženie lesov a stanoviť prirodzenosť porastov.
Odbor KZSL sa v rámci zákazkovej činnosti podieľa aj na mapovaní prirodzenosti lesných ekosystémov, mapovaní a monitorovaní lesných biotopov.
